Фауна

Фауна позвоночных животных заповедника не отличается большим разнообразием видов по причине почти полного отсутствия среднегорных и, особенно, низкогорных лесных и лесостепных местообитаний. Отсутствуют в заповеднике и типичные высокогорные виды центрально-азиатского горного комплекса, несмотря на преобладание высокогорных ландшафтов. Последнее объясняется особенностями географического положения западной части Катунского хребта, которую и занимает заповедник. Большое количество осадков порождает здесь глубокий снежный покров, что затрудняет передвижение животных и добычу пищи зимой, а раннее выпадение снега осенью и позднее его таяние (только в июне) делают высокогорья недоступными для гнездования многих птиц.

Из гнездящихся птиц для заповедника характерны: тундряная куропатка, белая куропатка, глухарь, азиатский бекас.

Из пресмыкающихся здесь лишь 3 вида: щитомордник, обыкновенная гадюка, живородящая ящерица.

Из особо охраняемых видов насекомых, занесенных в Красную книгу Республики Алтай, здесь известны булавоусые чешуекрылые, среди которых чернушка Киндермана. Еще четыре вида отнесены ко второй категории: обыкновенный аполлон, аполлон феб, аполлон Эверсмана, аполлон клариус. Из дополнительного списка животных, нуждающихся в охране, известно лишь 2 вида насекомых: хвостоносец махаон и чернушка Кеферштейна.

Из рыб, описанных в Красной книге Республики Алтай, в реке Катунь обитают: ленок и таймень, занесенный в дополнительный список животных, нуждающихся в особом внимании.

Из птиц, занесенных в Красную книгу Республики Алтай, зарегестрировано 4 вида: скопа, беркуты, степной лунь, горный дупель, балобан, алтайский улар, большая чечевица, филин. Кроме того, здесь отмечены 5 видов внесенных в Дополнительный список видов животных, нуждающихся в особом внимании: дербник, перепел, коростель, хрустан, арчевый дубонос.

Из млекопитающих, внесенных в Красную книгу Республики Алтай, в заповеднике отмечены: снежный барс, выдра, кабарга.